Las sustancias comúnmente utilizadas en la limpieza y desinfección de los locales y utillaje llegan a la leche por vía exógena después de ser producida. Con frecuencia se achaca a los residuos de detergentes o desinfectantes presentes en la leche los retrasos en la acidificación a veces observados en las queserías es muy común por este tipo de contaminación. Los lactococcus son sensibles a concentraciones de cloro activo en torno a 10-50 p.p.m., y de 1 a 10 p.p.m. de agua oxigenada, de iodóforos y de compuestos de amonio cuaternario. Streptococcus thermophilus, utilizado como cultivo iniciador en algunos quesos de pasta cocida, es menos sensible a los desinfectantes que los lactococcus mesófilos.
En caso de un descuido importante por parte del productor (ausencia de enjuagado y escurrido del material de ordeño después de la limpieza y desinfección), se pueden alcanzar concentraciones de desinfectante suficientemente elevadas como para provocar un enlentecimiento de la actividad de las bacterias lácticas en la leche. Sin embargo, es poco probable que esto ocurra en una leche de mezcla. Sólamente habría problemas en el caso de una adición directa y voluntaria de desinfectantes a la leche por parte de los productores.
Algunos desinfectantes en la leche pueden ser detectados con ayuda de métodos químicos sencillos.
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