Las micotoxinas que tienen interés en alimentos son metabolitos tóxicos producidos por hongos comunes cuando crecen en determinados cultivos vegetales. Los compuestos más importantes son las aflatoxinas, producidas por Aspergillus flavus y Aspergillus parasiticus en cacahuetes y maíz, que provocan cáncer de hígado y son la causa de muchas muertes cada año, especialmente en países en desarrollo.
También es probable que provoquen enfermedades en los consumidores las fumonisinas, que producen Fusarium verticilloides y Fusarium proliferatum cuando crecen en maíz, a las que se asocia con el cáncer de esófago en el hombre. Otras micotoxinas de interés para la salud humana incluyen la ocratoxina A, producida por Aspergillus ochraceus en alimentos durante su almacenamiento, Aspergillus carbonarius en uvas y los productos de la uva y Penicillium verrucosum en cereales, y que probablemente desempeñan un papel relevante en los procesos renales que se manifiestan en amplias zonas de Europa.
Los tricotecenos, que producen Fusarium graminearum y otras especies próximas en cereales, interfieren con la respuesta inmunitaria, por lo que desempeñan un papel no bien definido pero que podría ser importante en la reducción de la resistencia a enfermedades. Hay pruebas de que las aflatoxinas también tienen actividad inmunosupresora. Estos compuestos se encuentran ampliamente distribuidos en los alimentos en algunos países y pueden desempeñar un papel importante, aunque en su mayor parte desconocido, en la susceptibilidad a enfermedades muy diversas.
¿Cómo controlar ciertos patógenos en alimentos? Un sistema eficaz de gestión de la seguridad alimentaria casi siempre incluye diversas medidas de control, tales como selección de la materia prima, manipulación higiénica antes del procesado, procesado adecuado, y Buenas Prácticas Higiénicas durante y después del procesado. A nivel industrial se han diseñado tratamientos térmicos para alimentos poco ácidos enlatados para controlar los esporos de C. botulinum. Para los alimentos ácidos o acidificados (pH 4,5 o inferior) se pueden aplicar tratamientos más suaves porque los esporos de C. botulinum no pueden multiplicarse a valores de pH tan bajos.
Los esporos de C. perfringensen la carne de vacuno resisten la mayoría de los tratamientos culinarios y pueden multiplicarse si la carne se mantiene una vez cocinada a temperaturas suficientemente altas. Su desarrollo se reduce al mínimo enfriando rápidamente en todo el intervalo de temperaturas que permite su crecimiento (50-15 °C). En la restauración colectiva se pueden utilizar otros controles. Escherichia coli 0157:H 7 aparece esporádicamente en carne de vacuno picada que se utiliza para hamburguesas.El peligro se elimina con un calentamiento adecuado, habiéndose diseñado tratamientos térmicos adecuados para asegurar que el centro de la pieza de carne alcanza la temperatura letal para los E. coli patógenos, teniendo en cuenta el peso, el grosor y la temperatura inicial de la carne, la temperatura de la plancha y la duración del cocinado. A nivel doméstico, para evitar la salmonelosis por S. enteritidis en huevos, las personas vulnerables, tales como ancianos e inmunodeprimidos, deberían consumir sólo huevos cocinados hasta que solidifique la yema o utilizar un producto comercial pasterizado. Se han identificado muchos casos de salmonelosis por utilizar huevo sin pasterizar en mayonesa y tiramisú caseros. Al preparar el pollo crudo en la cocina se pueden contaminar otras superficies de trabajo con Campylobacter termófilos. Se deben de lavar las manos con frecuencia y concienzudamente después de preparar el pollo crudo.
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