Hoy sabemos que los microorganismos pueden desempeñar papeles muy importantes en los alimentos, siendo posible clasificarlos en tres grupos distintos, dependiendo del tipo de interacción existente entre microorganismo y alimento:
Primero.- Los microorganismos en los alimentos son causantes de alteraciones químicas perjudiciales, resultando en lo que llamamos "deterioro microbiano". El deterioro resulta en cambios de color, olor, sabor, textura y aspecto del alimento. Estas alteraciones son consecuencia de la actividad metabólica natural de los microorganismos, que sólo están tratando de perpetuar la especie, utilizando el alimento como fuente de energía. El deterioro provocado es sólo una consecuencia de este proceso.
Segundo.- Los microorganismos presentes en los alimentos pueden suponer un riesgo para la salud. Estos microorganismos son genéricamente denominados "patógenos", pudiendo afectar tanto al hombre como a los animales. Las características de las enfermedades que estos microorganismos causan dependen de una serie de factores inherentes al alimento, al microorganismo patogénico en cuestión y al individuo a ser afectado. Los microorganismos patógenos pueden llegar hasta el alimento por innumerables vías, siempre reflejando condiciones precarias de higiene durante la producción, almacenamiento, distribución o manejo a nivel doméstico.
Tercero.- Los microorganismos presentes en los alimentos causan cambios benéficos en un alimento, modificando sus características originales para transformarlo en un nuevo alimento. Esta forma de interacción de los microorganismo en el alimento es conocida por el hombre desde hace mucho tiempo. A este grupo pertenecen aquellos microorganismos que se agregan intencionalmente a los alimentos para que ciertas reacciones químicas sean realizadas. Muchos de estos microorganismos ya están naturalmente presentes, no siendo necesario agregarlos al alimento, sino estimular selectivamente su actividad biológica. En este grupo están todos los microorganismos utilizados en la fabricación de alimentos fermentados: quesos, vinos, cervezas, panes, vegetales y muchos otros. A pesar de ser fácil establecer categorías para clasificar los microorganismos, es bastante difícil definir la categoría de un determinado microorganismo, ya que un mismo microorganismo puede tener actividades diferentes en alimentos diferentes. Así, un microorganismo puede causar deterioro en un determinado alimento, pero las reacciones químicas que ocasionan este deterioro pueden ser deseables en otro alimento. Los microorganismos son tradicionalmente caracterizados, clasificados e identificados a través de sus propiedades morfológicas y fisiológicas.
Más recientemente, nuevos criterios se han introducido en relación con sus características bioquímicas y genéticas. Los datos relativos a la composición química de algunas estructuras (pared celular y cápsula, por ejemplo), a la caracterización de detergentes antigénicos y al perfil enzimático han revolucionado la taxonomía de los microorganismos. Sin embargo, la gran revolución en la clasificación de los microorganismos ocurrió debido a la genética molecular, pues, a través de la determinación de la composición y de la homología de bases del ADN y del secuenciamiento del RNA ribosómico, fue posible descubrir nuevas asociaciones entre los microorganismos y como consecuencia, nuevas Formas de agruparlos. Las recientes reclasificaciones de las bacterias lácticas y de las levaduras, con el surgimiento de nuevos géneros, son un buen ejemplo de este fenómeno.
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